หน่วยจัดการต้นน้ำในสังกัดมีจำนวน 6 แห่ง ได้แก่

หน่วยจัดการต้นน้ำดอยมูเซอร์
หน่วยจัดการต้นน้ำเขื่อนภูมิพล
หน่วยจัดการต้นน้ำแม่เงา
หน่วยจัดการต้นน้ำแม่กลองน้อย-แม่กลองใหญ่
หน่วยจัดการต้นน้ำแม่ราก
หน่วยจัดการต้นน้ำห้วยน้ำเย็น