หน่วยจัดการต้นน้ำในสังกัดมีจำนวน 6 แห่ง ได้แก่
หน่วยจัดการต้นน้ำดอยมูเซอร์ หน่วยจัดการต้นน้ำเขื่อนภูมิพล หน่วยจัดการต้นน้ำแม่เงา หน่วยจัดการต้นน้ำแม่กลองน้อย-แม่กลองใหญ่ หน่วยจัดการต้นน้ำแม่ราก หน่วยจัดการต้นน้ำห้วยน้ำเย็น